尖锐湿疣的药物治疗可以选择鬼臼毒素酊、三氯乙酸溶液、氟尿嘧啶软膏、干扰素等，可以在医生指导下进行针对性治疗。

1、鬼臼毒素酊：可以外用涂抹，其主要目的是去除疣体，适用于数量少，疣体小的患者。

2、三氯乙酸溶液：是腐蚀剂，可以通过化学凝固蛋白来破坏疣体。适用于小的皮损或丘疹样皮损，不能用于角化过度或疣体较大、数目较多的疣体。

3、氟尿嘧啶软膏：氟尿嘧啶是一种阻止DNA合成的抗代谢药，当其他疗法失败时可以考虑使用，但使用时注意避免涂抹到阴囊上防止阴囊皮肤发生疼痛性糜烂。

4、干扰素：除了外用药物，还可以使用干扰素进行系统治疗。干扰素具有抗病毒、调节免疫等作用，可以帮助治疗尖锐湿疣。

外用药治疗尖锐湿疣会产生一定的效果，祛除患者表面的症状是有一定的疗效的，但是，对于体内病毒是产生不了作用的，还容易引起尖锐湿疣患者的皮肤过敏、红肿甚至溃烂。而因为尖锐湿疣的根源，病毒是并没有被消灭的，外用药治疗尖锐湿疣可以说是很容易复发的，所以，很多的专家是不建议患者使用外用药物进行尖锐湿疣的治疗的。